Погребения натуфийцев располагались чаще всего в заброшенных домах их поселений, реже — в пещерах (Кармель, Иудейские горы). Иногда на могилы клали известняковые глыбы. Труп могли располагать как на спине, так и в позе эмбриона, какой-либо строгой ориентации по сторонам света также не соблюдалось. Для усопшего в могиле изготовлялось ложе из раковин, вместе с ним клали украшения, кости животных. Сверху могила часто посыпалась охрой. В некоторых поселениях практиковалось отделение черепа, оформление его раковинами и хранение отдельно от тела (Хайоним, Нахаль Орен, Айн-Маллаха). Помимо одиночных погребений, встречаются и коллективные (особенно в ранний период). Есть признаки того, что старые могилы разрывались для новых захоронений. Примерно треть найденных скелетов принадлежит детям.